В годы Великой Отечественной войны органы здравоохранения Чувашии перестраивались в условиях военного времени. Огромная работа в республике была направлена на сохранение эпидемического благополучия тыла. Санитарно-гигиенические и противоэпидемические мероприятия проводились противоэпидемическим управлением Наркомздрава Чувашской АССР, республиканской, районными и городскими санэпидстанциями.

В аппарате Наркомздрава Чувашии организацией противоэпидемических мероприятий руководила главный госсанинспектор Н. М. Благовещенская. Директорами республиканской санэпидстанции являлись Н. Н. Луппова (1941-1943), П. И. Журин (1943-1945).

Эпидемиологами работали Н. П. Колеватых, П. Спицина, Соколов, С. И. Спиридонова, Флерова, Бахвастова, паразитологом — З. А. Морозова, бактериологами — Г. А. Воронова, М. А. Зайцева, пом. эпидемиолога — М. Ф. Маркова, Магашова, А. Васильева, Туманцева, Л. Иванова, лаборантами — О. И. Ольнова, Т. М. Никольская, Рихнер и Оппенгейм (супруги, эвакуированные из Польши), Робинович (из Москвы), Афанасьева, А. Г. Гордеева, М. К. Румянцева, санитаркой — И. С. Волкова.

Были призваны в действующую армию врачи А. Ф. Кошечкин, Б. В. Высоцкий, Л. Павлова, М. К. Румянцева, О. Ф. Давыдова, фельдшер М. Ф. Маркова.

В течение всех лет войны особое внимание службы сосредотачивалось на инфекционных заболеваниях, которые могли создать угрозу возникновения эпидемий сыпного, возвратного, брюшного тифов, дизентерии, малярии, скарлатины, дифтерии, кори и коклюша, а также таких особо опасных инфекций, как чума, оспа и холера.

Во исполнение указания Наркомздрава СССР на местах были укомплектованы должности эпидемиологов. Также было принято решение о создании эпидотрядов при районных отделах здравоохранения, не имеющих санэпидстанций. Они были обеспечены транспортом, оборудованием и дезсредствами. На каждом сельском врачебном участке на одного из средних медработников возлагались обязанности дезинфектора.

Эпидгруппе республиканской санэпидстанции были приданы 3 эпидотряда, они направлялись по мере необходимости в районы Чувашии, где складывалась неблагополучная эпидобстановка. Такая структура сохранялась на протяжении всего периода войны. Чрезвычайные противоэпидемические комиссии установили контроль за состоянием вокзалов и пристаней, пресекая нарушения, способствующие распространению инфекций.

Самоотверженная работа медработников позволила обеспечить относительное эпидблагополучие по инфекционной заболеваемости. Так, в 1942 году заболеваемость сыпным тифом вследствие резкого ухудшения социально-бытовых условий возросла по сравнению с довоенным 1940 годом в 4 раза (4142 случая против 1054). Но уже в 1943 году в результате принимаемых мер ее удалось снизить (по сравнению с 1942 годом) в 3 раза.

В годы Великой Отечественной войны, несмотря на недостаточную материально-техническую базу, значительную неукомплектованность кадрами, нехватку транспорта и другие трудности, санэпидслужба Чувашии оказалась способной выполнять самые сложные и ответственные задачи по предупреждению эпидемических осложнений.